План деятельности Федерального агентства морского и речного транспорта разработан в соответствии с Основными направлениями деятельности Правительства Российской Федерации на период до 2018 года и поручениями, содержащимися в Указах Президента РФ от 07 мая 2012 года № 596-606.
Основными критериями подготовки указанного Плана является установление конкретных промежуточных и окончательных результатов, в рамках достижения целей (ключевых событий), сроков достижения целей, а также возможности проведения регулярного мониторинга и оценки результативности реализации плана деятельности.
Инструментами для достижения планируемых к реализации целей являются две Государственные программы Российской Федерации «Развитие транспортной системы» и «Социально-экономическое развитие Дальнего Востока и Байкальского региона».